关于X86的一些问题

【我有问题】
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目前X86的机器以前因为空间占用率比较大，通过KAI进行修复时直接把系统搞崩了，又重新刷机之后系统根目录的overlays又太满了，导致目前一直无法正常更新软件之类的事情，这应该怎么解决？